PhD Thesis

Doctorat en analyse de données de transcriptome à l’échelle de cellules uniques pour étudier la maturation postnatale de l’intestin

OFFRE D’EMPLOI

Doctorat en analyse de données de transcriptome à l’échelle de cellules uniques pour étudier la maturation postnatale de l’intestin

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

INDEXATION

Disciplines scientifiques
Génomique et autres approches omiques Biologie cellulaire

Mots clés
Single cell, transcriptome, intestin, organoïdes, microbiote, métabolites

VOTRE MISSION ET VOS ACTIVITÉS

Vous serez accueilli.e au sein des laboratoires GenPhySE (Génétique, Physiologie et Systèmes d’Elevage) et MIAT (Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse) sur le site de Castanet-Tolosan. Vous serez co-encadré.e par Martin Beaumont (physiologie digestive, organoïdes et microbiote intestinal) et Nathalie Vialaneix (analyses statistiques et intégration de données omiques, implémentation). Le doctorat sera mené en collaboration avec les plateformes locales de séquençage et de bioinformatique et avec les biologistes du laboratoire GenPhySE. Le sujet de thèse s’inscrit dans le cadre du projet MetaboWean (ANR JCJC, 2022-2026) dont le but est de comprendre le rôle joué par les métabolites produits par le microbiote intestinal lors de la maturation postnatale de la barrière épithéliale.

Multifonctionnalité de légumineuses sources de tannins en cuniculture- analyse de l'intérêt du nutritionnel du sainfoin et de son rôle sur la santé digestive.

Multifunctionality of leguminous sources of tannins in rabbit feeding - analysis of the nutritional value of sainfoin and its role in digestive health.

Partenaires impliqués :
INRA Toulouse, UMR1388 GenPhySE Castanet-Tolosan, équipe SYSED (SYStème
d'Elevage et Durables), Thierry GIDENNE
ENV Toulouse, UMR 1225 IHAP (Interactions Hôte Agent Pathogène), Hervé HOSTE.
Arrivé-Bellané Nutrition Animale, Antoine Bretaudeau & Philippe Roy
Multifolia, Pascale Gombault
Mots clés : lapin, alimentation, besoins nutritionnels, santé digestive, tannins, parasitisme

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