PhD Thesis

Vous réaliserez votre mission au sein de l'UMR 1388 - GenPhySE (Génétique, Physiologie et Systèmes d’Elevage, GenPhySE), qui regroupe près de 200 agents (154 titulaires et +/-50 non titulaires). L'activité scientifique de GenPhySE est dédiée à faire évoluer les systèmes de production animale par des innovations génétiques, nutritionnelles et de conduite d'élevage, dans une perspective de production durable. GenPhySE est structurée en 10 équipes de recherche dont l'équipe - GenEpi (Génétique et Epigénétique moléculaires des espèces animales utilisées en croisement).
Vous exercerez vos missions au sein de l’équipe GenEpi dont la thématique centrale est la caractérisation et l’identification des causes moléculaires de la variabilité des caractères complexes et mendéliens chez les animaux domestiques. L’équipe est actuellement composée de 10 membres permanents dont 3 Directeur-trices de Recherche (DR), 1 Chargée de Recherche Hors Classe (CRHC), 2 Chargés de Recherche de Classe Normale (CRCN), 1 Ingénieure d’Etude (IE), 1 Assistante Ingénieure (AI), 2 Techniciennes de Recherche (TR).

OFFRE D’EMPLOI

Doctorat en analyse de données de transcriptome à l’échelle de cellules uniques pour étudier la maturation postnatale de l’intestin

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

INDEXATION

Disciplines scientifiques
Génomique et autres approches omiques Biologie cellulaire

Mots clés
Single cell, transcriptome, intestin, organoïdes, microbiote, métabolites

VOTRE MISSION ET VOS ACTIVITÉS

Vous serez accueilli.e au sein des laboratoires GenPhySE (Génétique, Physiologie et Systèmes d’Elevage) et MIAT (Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse) sur le site de Castanet-Tolosan. Vous serez co-encadré.e par Martin Beaumont (physiologie digestive, organoïdes et microbiote intestinal) et Nathalie Vialaneix (analyses statistiques et intégration de données omiques, implémentation). Le doctorat sera mené en collaboration avec les plateformes locales de séquençage et de bioinformatique et avec les biologistes du laboratoire GenPhySE. Le sujet de thèse s’inscrit dans le cadre du projet MetaboWean (ANR JCJC, 2022-2026) dont le but est de comprendre le rôle joué par les métabolites produits par le microbiote intestinal lors de la maturation postnatale de la barrière épithéliale.

Multifunctionality of leguminous sources of tannins in rabbit feeding - analysis of the nutritional value of sainfoin and its role in digestive health.

Partenaires impliqués :
INRA Toulouse, UMR1388 GenPhySE Castanet-Tolosan, équipe SYSED (SYStème
d'Elevage et Durables), Thierry GIDENNE
ENV Toulouse, UMR 1225 IHAP (Interactions Hôte Agent Pathogène), Hervé HOSTE.
Arrivé-Bellané Nutrition Animale, Antoine Bretaudeau & Philippe Roy
Multifolia, Pascale Gombault
Mots clés : lapin, alimentation, besoins nutritionnels, santé digestive, tannins, parasitisme