PhD Thesis

Transgenerational response to endocrine disruptor ingestion: phenotypic, genetic and epigenetic analyses in quail

  • SUBJECT
  • Environmental exposures, for example to chemicals, can have a long-term influence on
    animal, vegetal and human phenotypes, resulting in repercussions on their health, sometimes
    for several generations. "Epigenetic inheritance" is subject to intense debate in the scientific
    community. The aim of this thesis project is to study how changes in the embryonic
    environment influence phenotypes for multiple generations in quail. The treatment chosen is
    the ingestion of a natural endocrine disruptor, genistein, by mothers, during the egg
    production phase. The project aims to characterize the effects of such treatment on several
    phenotypes, to evaluate the persistence of the observed effect over generations, to better
    estimate the respective parts of genetics and epigenetics in the phenotypic variability, and to
    contribute to the improvement of phenotype prediction models by taking into account
    epigenetic marks. The last part of the thesis aspires to improve the knowledge of the
    molecular mechanisms underlying transgenerational epigenetic phenomena, by
    characterizing the non-genetic marks transmitted through sperm.

Décrypter les variations phénotypiques des trois espèces de ruminants et comprendre leur évolution à l’aide de pangénomes

VOTRE MISSION ET VOS ACTIVITÉS
Vous serez accueilli(e) dans l’équipe Génétique et Génomique Bovine (G2B) au sein de l’unité Génétique
Animale et Biologie Intégrative (UMR-1313 GABI ; https://www6.jouy.inrae.fr/gabi) et dans l’équipe
Génomique de Ruminants Ovins et Caprins (GenROC) au sein de l’unité Génétique Physiologie et Systèmes
d’Elevage (GenPhySE ; https://genphyse.toulouse.inra.fr/). La direction de thèse sera assurée par Mekki
Boussaha et Gwenola Tosser-Klopp.

L'équipe G2B conduit des travaux sur l'analyse de la variabilité génétique et sur son exploitation en
sélection génomique. Les recherches menées visent à contribuer à la durabilité de la production bovine
dans ses dimensions économique, sociale et environnementale. Les travaux reposent largement sur le
séquençage à haut débit et sur une base de plusieurs milliers de séquences en lectures courtes et longues.
Les recherches de l'équipe GenROC sont consacrées à l'identification des gènes et polymorphismes sousjacents
aux caractères quantitatifs chez les ovins et les caprins et à la compréhension des mécanismes
moléculaires conduisant aux phénotypes observés.

Comprendre la variabilité du poids de naissance chez le porcelet via des analyses -omiques ciblant les mécanismes d’empreinte génomique parentale

Vous réaliserez votre mission au sein de l'UMR 1388 - GenPhySE (Génétique, Physiologie et Systèmes d’Elevage, GenPhySE), qui regroupe près de 200 agents (154 titulaires et +/-50 non titulaires). L'activité scientifique de GenPhySE est dédiée à faire évoluer les systèmes de production animale par des innovations génétiques, nutritionnelles et de conduite d'élevage, dans une perspective de production durable. GenPhySE est structurée en 10 équipes de recherche dont l'équipe - GenEpi (Génétique et Epigénétique moléculaires des espèces animales utilisées en croisement).
Vous exercerez vos missions au sein de l’équipe GenEpi dont la thématique centrale est la caractérisation et l’identification des causes moléculaires de la variabilité des caractères complexes et mendéliens chez les animaux domestiques. L’équipe est actuellement composée de 10 membres permanents dont 3 Directeur-trices de Recherche (DR), 1 Chargée de Recherche Hors Classe (CRHC), 2 Chargés de Recherche de Classe Normale (CRCN), 1 Ingénieure d’Etude (IE), 1 Assistante Ingénieure (AI), 2 Techniciennes de Recherche (TR).

Doctorat en analyse de données de transcriptome à l’échelle de cellules uniques pour étudier la maturation postnatale de l’intestin

OFFRE D’EMPLOI

Doctorat en analyse de données de transcriptome à l’échelle de cellules uniques pour étudier la maturation postnatale de l’intestin

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

INDEXATION

Disciplines scientifiques
Génomique et autres approches omiques Biologie cellulaire

Mots clés
Single cell, transcriptome, intestin, organoïdes, microbiote, métabolites

VOTRE MISSION ET VOS ACTIVITÉS

Vous serez accueilli.e au sein des laboratoires GenPhySE (Génétique, Physiologie et Systèmes d’Elevage) et MIAT (Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse) sur le site de Castanet-Tolosan. Vous serez co-encadré.e par Martin Beaumont (physiologie digestive, organoïdes et microbiote intestinal) et Nathalie Vialaneix (analyses statistiques et intégration de données omiques, implémentation). Le doctorat sera mené en collaboration avec les plateformes locales de séquençage et de bioinformatique et avec les biologistes du laboratoire GenPhySE. Le sujet de thèse s’inscrit dans le cadre du projet MetaboWean (ANR JCJC, 2022-2026) dont le but est de comprendre le rôle joué par les métabolites produits par le microbiote intestinal lors de la maturation postnatale de la barrière épithéliale.

Multifonctionnalité de légumineuses sources de tannins en cuniculture- analyse de l'intérêt du nutritionnel du sainfoin et de son rôle sur la santé digestive.

Multifunctionality of leguminous sources of tannins in rabbit feeding - analysis of the nutritional value of sainfoin and its role in digestive health.

Partenaires impliqués :
INRA Toulouse, UMR1388 GenPhySE Castanet-Tolosan, équipe SYSED (SYStème
d'Elevage et Durables), Thierry GIDENNE
ENV Toulouse, UMR 1225 IHAP (Interactions Hôte Agent Pathogène), Hervé HOSTE.
Arrivé-Bellané Nutrition Animale, Antoine Bretaudeau & Philippe Roy
Multifolia, Pascale Gombault
Mots clés : lapin, alimentation, besoins nutritionnels, santé digestive, tannins, parasitisme

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