OFFRE D’EMPLOI
Doctorat en analyse de données de transcriptome à l’échelle de cellules uniques pour étudier la maturation postnatale de l’intestin
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
INDEXATION
Disciplines scientifiques
Génomique et autres approches omiques
Biologie cellulaire
Mots clés
Single cell, transcriptome, intestin, organoïdes, microbiote, métabolites
VOTRE MISSION ET VOS ACTIVITÉS
Vous serez accueilli.e au sein des laboratoires GenPhySE (Génétique, Physiologie et Systèmes d’Elevage) et MIAT (Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse) sur le site de Castanet-Tolosan. Vous serez co-encadré.e par Martin Beaumont (physiologie digestive, organoïdes et microbiote intestinal) et Nathalie Vialaneix (analyses statistiques et intégration de données omiques, implémentation). Le doctorat sera mené en collaboration avec les plateformes locales de séquençage et de bioinformatique et avec les biologistes du laboratoire GenPhySE. Le sujet de thèse s’inscrit dans le cadre du projet MetaboWean (ANR JCJC, 2022-2026) dont le but est de comprendre le rôle joué par les métabolites produits par le microbiote intestinal lors de la maturation postnatale de la barrière épithéliale.
L’objectif du projet de thèse est d’exploiter des données de transcriptome à l’échelle de cellules uniques (single cell RNA-seq) pour étudier la maturation de l’épithélium intestinal au début de la vie et pour explorer le rôle joué par les métabolites du microbiote digestif. Les données analysées seront issues d’expérimentations in vivo (lapin) et in vitro (organoïdes) menées par l’équipe NED (Nutrition et Ecosystèmes Digestifs, GenPhySE). La personne recrutée sera en charge des analyses bioinformatiques et biostatistiques (probablement principalement à l'aide de packages R existants comme Seurat, Scanpy, etc.) pour identifier les profils d’expression de gènes dans chaque type cellulaire de l’épithélium intestinal in vivo et in vitro. Le.La doctorant.e sera également responsable de l’interprétation biologique des résultats pour répondre aux questions suivantes :
- Quelles modifications transcriptomiques ont lieu dans chacun des types cellulaires de l’épithélium intestinal lors de la transition alimentaire du sevrage ?
- Quelles sont les effets des métabolites produits par le microbiote intestinal au moment de l’introduction de l’alimentation solide sur le transcriptome de chaque type cellulaire de l’épithélium intestinal ?
LE PROFIL QUE NOUS RECHERCHONS
Diplôme minimum requis : Master/Ingénieur (Bac+5) Formation recommandée : Diplôme d'ingénieur ou universitaire en bioinformatique/biostatistiques Connaissances/compétences souhaitées :
- Maîtrise du langage de programmation R
- Compétences en analyse, visualisation et intégration de données omiques
- Connaissances solides en biologie cellulaire et moléculaire
- Attrait pour l’interprétation biologique de données omiques
- Goût pour les recherches bibliographiques
- Excellente maitrise de l’anglais écrit et oral
Aptitudes recherchées : rigueur, organisation, autonomie, sens du travail en équipe
Modalités d’accueil
Unité: GenPhySE et MIAT (Castanet-Tolosan)
Site web unités :
- https://genphyse.toulouse.inra.fr/
- https://miat.inrae.fr/
Type de contrat : CDD
Durée du contrat : 3 ans
Date d’entrée en fonction : à partir de Nov. 2022
Rémunération : 1874 € brut mensuel
Modalités pour postuler
Transmettre une lettre de motivation et un CV à: Martin Beaumont
- Par e-mail : martin.beaumont@inrae.fr
- Date limite pour postuler : Novembre 2022