Co-encadrant:
Christelle Knudsen
Sylvie Combes
Contexte de travail Les interactions entre le microbiote digestif et le système immunitaire durant le jeune âge jouent un rôle fondamental dans la mise en place de la santé digestive et son maintien au cours du temps. Au début de la vie, l’ingestion des oligosaccharides du lait par le nouveau-né contribuent à la maturation du microbiote par la sélection des bactéries bénéfiques et la production de métabolites bactériens favorables à l’hôte (Bode and Jantscher-Krenn, 2012). Chez l’homme, les oligosaccharides du lait jouent également un rôle direct sur le développement du système immunitaire inné et acquis. En élevage, piloter l’immunité digestive, et les interactions hôte-microbiote, vers un système fonctionnel et mature constitue un enjeu clé pour construire la santé et réduire les troubles digestifs péri-sevrage. S’appuyant sur les avancées en santé humaine, le stage proposé vise à évaluer l’impact fonctionnel des oligosaccharides du lait sur la co-maturation du microbiote et du système immunitaire chez le lapin par une approche in-vitro.
Objectifs et déroulement prévisionnel du stage La lamina propria, sous-jacente à l’épithélium dans la muqueuse, est considérée comme le principal site effecteur de la réponse immunitaire intestinale. Elle est constituée d’une population cellulaire hétérogène avec notamment des lymphocytes T et B, des cellules dendritiques et des macrophages (Newberry et al., 2016) ayant des rôles distincts dans la protection de la barrière intestinale. Afin d’évaluer l’impact des oligosaccharides sur la réponse immunitaire, la culture de ces cellules in vitro ainsi que la sélection de stimulations immunitaires appropriées constitue un prérequis clé.
En s’appuyant sur les méthodes publiées chez d’autres espèces, le premier objectif du stage sera donc de mettre au point une méthode de culture et de stimulation des cellules immunitaires de la lamina propria du lapin. Dans un deuxième temps ce model sera appliqué à un essai pilote d’évaluation de l’impact d’un oligosaccharide (2’-FL) sur la réponse immunitaire in vitro. Outre la culture cellulaire, ces deux étapes feront appel à plusieurs techniques de laboratoire afin de caractériser les cellules en présence (cytométrie de flux) et leur réponse immunitaire (expression de gènes par qPCR à haut débit et dosages protéiques par ELISA notamment). Un programme de thèse prévu en poursuite de ce stage M2 au sein du laboratoire est envisagé à compter de septembre 2022.
Formation et compétences recherchées Master 2 ou école d’ingénieur. La maitrise des techniques de culture cellulaire est souhaitable. La connaissance de la physiologie intestinale serait appréciée.
Environnement et conditions du stage Le stage se déroulera à l’UMR GenPhySE au centre INRAE Toulouse Occitanie (site de Castanet Tolosan). Le but des travaux de l’équipe d’accueil « Nutrition et écosystèmes digestif » est de comprendre le rôle du microbiote intestinal dans l’élaboration des phénotypes animaux (Equipe NED). Le stage pourra débuter entre janvier et mars 2022.