Description du travail stage

La mise en place d'une filière française compétitive pour la sélection génétique des abeilles mellifères nécessite de développer des connaissances sur la diversité et les origines génétiques des colonies utilisées en production. Au laboratoire, des travaux précédents ont permis d'établir un panel de plusieurs millions de marqueurs génétiques répartis sur le génome et ségrégeant dans quelques populations françaises. Plus récemment, dans le cadre de programmes d'évaluation de la résistance des colonies à l'acarien /Varroa/, des données de séquençage en mélange de plus de 1000 colonies ont été receuillies sur l'ensemble du territoire français. L'analyse bioinformatique de ces données a été effectuée et a abouti à la création d'un jeu initial de données consolidées. L'objectif du stage proposé est de participer à l'analyse statistique de ces données pour caractériser la structure génétique des abeilles françaises.

Les données génétiques d'une colonie ont été obtenues à partir du séquençage d'un mélange d'ADN issus d'environ 500 ouvrières. Chez les abeilles, chaque ouvrière a reçu un chromosome de la reine ainsi qu'un chromosome issu d'une population de nombreux mâles (dits faux bourdons) ayant fécondé la reine. Ainsi, les contributions femelle et mâle à la diversité génétique d'une population d'ouvrières sont déséquilibrées. L'objectif du stage est de développer une méthode statistique pour analyser conjointement les données de séquençage d'un grand nombre de colonies et ainsi permettre de séparer au sein de chaque colonie, les contributions femelle ( le génotype de la reine ) et mâle ( les fréquences alléliques chez les faux bourdons) à la diversité génétique des ouvrières. Ensuite, des analyses de ces contributions génétiques seront menées de façon à caractériser la structuration génétique de la population d'abeilles françaises. Il s'agira en particulier d'étudier les influences des trois grands types génétiques (abeilles jaunes, noires et caucasiennes). Il sera également possible d'étudier la relation entre structure génétique et répartition géographique, en distinguant si nécessaire les populations de reines et de faux bourdons ...

Formation et compétences recherchées

Master 2 ou école d'ingénieur dans une formation en génétique avec un intérêt pour l'analyse statistique et le développement informatique ( programmation R, python). Un intérêt pour la filière apicole serait un plus.

Environnement et conditions du stage

Le stage se déroulera dans l'unité GenPhySE ( http://genphyse.toulouse.inra.fr ) du centre INRA de Toulouse (site d'Auzeville-Tolosane). Il sera coencadré par un chercheur de l'équipe /Dynamique des génomes et des populations/ et un chercheur de l'équipe de /Cytogénomique structurale et fonctionelle/. La personne recrutée bénéficiera d'un accès aux infrastructures de calcul de la génopole de Toulouse ( http://bioinfo.genotoul.fr ).

Contacts

• Bertrand Servin : bertrand.servin@inra.fr - 05 61 28 51 17 https://genphyse.toulouse.inra.fr/people/servin/bertrand
• Alain Vignal : alain.vignal@inra.fr - 05 61 28 53 17 https://genphyse.toulouse.inra.fr/people/vignal