Séquençage du génome entier et diversité génétique de populations sauvages et domestiques de pintade

Auteurs : Vignal Alain, Boitard Simon, Thebault Noémie, Dayo Guiguigbaza-Kossigan, Yapi-Gnaore Valentine, Youssao Issaka, Berthouly-Salazar Cécile , Pálinkás-Bodzsár Nóra, Guémené Daniel, Thibaud-Nissen Francoise, Warren Wesley C., Tixier-Boichard Michèle et Rognon Xavier. Résumé : La pintade, Numida meleagris, est une espèce appartenant à l'ordre des Galliformes. Son aire de répartition recouvre une grande partie de l’Afrique sub-saharienne, du Sénégal à l’Érythrée et du Tchad à l’Afrique du Sud. Elle a probablement été domestiquée, il y a 2 000 ans, dans le Nord de cette zone. La pintade domestique a été largement répandue dans le monde méditerranéen et, à partir du XVIe siècle, dans le monde entier. Aujourd’hui elle est toujours élevée, dans le cadre d’une aviculture villageoise en Afrique et de façon plus intensive dans d’autres régions du monde. Jusqu’à récemment, le manque de marqueurs moléculaires a fortement limité les études génétiques concernant la pintade. Pour initier de telles études, nous avons produit une première génération de la séquence du génome entier de la pintade. Nous l'avons utilisé comme référence pour une étude par une approche Pool-seq de 12 populations sauvages et domestiques d'Europe et d'Afrique. Cette étude a montré que les populations domestiques africaines et européennes étaient génétiquement plus proches les unes des autres que des populations sauvages vivant dans la même zone géographique. Plusieurs régions génomiques montrant des signatures de sélection, liées à la domestication, à l'importation en Europe ou aux programmes de sélection plus intensifs en Europe, ont été détectées. Elles incluaient des gènes candidats intéressants. Parmi ces gènes candidats, EDNRB2 est connu pour induire des phénotypes de dilution ou de taches blanches chez les oiseaux.