Contexte

Le fonctionnement et la régulation du génome d'un individu dépend non seulement de sa séquence d'ADN (l'information génétique ) mais également d'autres facteurs plus ou moins transients regroupés sous le terme d'information épigénétique. Il peut s'agir par exemple de l'état de la méthylation de l'ADN ou de modifications des histones.

Les technologies de séquençage longue lecture haut débit offrent aujourd'hui la possibilité d'accéder non seulement à la séquence d'ADN d'un échantillon mais également au statut de méthylation des bases. Elles rendent donc possible d'étudier conjointement les effets génétiques et certains effets épigénétiques sur le fonctionnement du génome et le déterminisme des caractères.

Dans le cadre du projet Européen Geronimo, visant entre autre à intégrer l’information épigénétique aux schémas de sélection chez les monogastriques (porcs et volaille), nous étudions l'évolution du génome d'une population de porc en sélection dans le but d'identifier les modifications génétiques et épigénétiques induites par le processus de sélection. Pour ce faire, l'équipe dispose de données provenant de séquençage longue lecture, produit par la technologie Oxford Nanopore, en mélange sur plusieurs générations nous donnant accès aux données temporelles des fréquences alléliques et du taux de méthylation des CpG pour l'intégralité du génome porcin. Si nous diposons de modèles permettant d'interpréter les évolutions génétiques temporelles (Paris et al. 2019), nous manquons de ce type de modèles pour les évolutions épigénétiques.

Votre mission et vos activités

Les installations expérimentales piscicoles de INRAE ont fait part de leur volonté d’avoir des outils communs et ainsi de pouvoir mettre en réseau leurs installations, d’échanger du matériel biologique et de mettre en commun certaines pratiques. Actuellement une application client/serveur associée à une application mobile permettent la saisie des données dans les piscicultures. Ces données ont vocation à être exploitées par les chercheurs via une application web.
L’apprenti sera chargé de l'analyse, la conception et du développement d'une application web en PHP avec utilisation du framework Symfony et du langage Java pour la création de Web Services.

Le profil que nous recherchons

• Formation : Licence professionnelle APSIO (Analyste Programmeur de Systèmes Informatiques ouverts) IUT Blagnac
• Compétences souhaitées : HTML, PHP, Java (WS), Forge logicielle, Versionning, connaissance de Symfony bienvenue
• Aptitudes recherchées : Travail en équipe, capacité d’écoute, de rédaction et de communication

Modalités d'accueil

• Unité : UMR GenPhySE
• Code postal + ville : 31326 Castanet Tolosan
• Type de contrat : Alternance
• Durée du contrat : 1 an
• Date d’entrée en fonction : septembre 2021
• Rémunération : 71 à 81% du Smic en fonction de l’ancienneté

Transmettre lettre de motivation et CV à sophie.normant[at]inrae.fr

Votre mission et vos activités

• Vous serez accueilli(e) au sein de l’unité de recherche GenPhySE du site INRAE-Occitanie Toulouse. Elle regroupe environ 240 agents (160 titulaires et 80 non titulaires). L'unité comprend également une Installation Expérimentale permettant de décliner des travaux de recherche chez les ovins. L'activité scientifique de GenPhySE est dédiée à faire évoluer les systèmes de production animale par des innovations génétiques, nutritionnelles et de conduite d'élevage, dans une perspective de production durable. Vous exercerez votre activité au sein de l'installation expérimentale de l'unité. Vous serez placé(e) sous la responsabilité de la direction de l'unité et du responsable de l'équipe ovine à laquelle vous serez rattaché(e)
• Vous serez plus particulièrement en charge de :
  • Participer aux soins des animaux (alimentation, abreuvement...)
  • Participer à l’entretien des espaces d’élevage et des lieux d’hébergement des animaux
  • Participer aux travaux portant sur les cultures (récolte, fenaison...)
• Conditions particulières d’activité : Vous participerez à des permanences de week-ends et jours fériés. Vous pourrez ponctuellement être amené(e) à des dépassements d'horaires, lors de chantiers exceptionnels. Dans le cadre des activités vous veillerez au respect du bien-être animal. Le permis de conduire sera apprécié.

Le profil que nous recherchons

• Formation recommandée : BEP ou Bac professionnel agricole
• Connaissances souhaitées : connaissance de l’élevage ovin et de sa conduite Expérience appréciée : expériences en élevage souhaité
• Aptitudes recherchées : capacité à travailler en équipe, conduite d’engins agricole

Modalités d'acceuil

• Unité: UMR GenPhySE
• Code postal + ville : 31326 Castanet Tolosan
• Type de contrat : Contrat à durée déterminée

Ingénieur en ingénierie logicielle

Description du projet

Environnement fonctionnel

GenPhySE est une unité de recherche dont les travaux vont de la gestion des populations
animales (ovins, caprins, lapins, palmipèdes, porcs) à l'évaluation et la conception de
systèmes d'élevage plus durables.
L’équipe Informatique & Automatismes contribue aux travaux de recherche par le
développement d’outils de collecte de données et de systèmes d’informations. Parmi ces
outils, le système d’informations Sicpa (Système d’Information et de Calcul pour la
Phénotypage Animal) Sanitaire permet aux élevages expérimentaux de l’Inra de gérer tous les
aspects sanitaires de leurs troupeaux : gestion de la pharmacie, suivi sanitaire des animaux,
gestion de la prophylaxie, ... Une application client/serveur est développée et mise à
disposition des agents des unités expérimentales pour enregistrer et exploiter ces données. De
plus, une application web est déployée afin d’offrir une interrogation des données pour les
scientifiques des unités de recherche.
Parallèlement, l’ontologie AHOL (Ontologie pour la santé animale du bétail) apporte la
connaissance sur les maladies de production (symptômes, agents pathogènes, espèces
concernées, ...).
La personne recrutée intégrera l’équipe Informatique & Automatismes. Sa mission sera
d’enrichir l’application web destinée aux scientifiques en apportant des nouveaux critères de
recherche basés sur l’ontologie. Il s’agira donc de développer des web services issus de
AHOL, développer des requêtes croisées entre l’ontologie et les données de Sicpa Sanitaire et
intégrer le tout dans l’IHM déjà existante.

Mission et Activité

Au sein de l’équipe Génétique et Sélection des Petits Ruminants (GESPR) de l’UMR GenPhySE de Toulouse, l’Ingénieur(e) participera au développement de nouveaux modèles d'évaluations génétiques en caprins laitiers, dans le cadre du projet CASDAR RUSTIC en partenariat avec l'UMT GPR (Génétique pour un élevage durable des Petits Ruminants). Il (elle) sera en charge de l’adaptation d'un nouveau modèle d'évaluation génétique pour les caractères de production laitière prenant en compte l'ensemble des mesures réalisées en ferme lors du contrôle laitier des lactations. Ce modèle (Test-day model) permet d'estimer simultanément les effets génétiques et d'environnement qui modulent ces caractères tout au long de la lactation des animaux.

Vous serez plus particulièrement chargé(e):

• d'adapter un modèle existant pour la quantité de lait produite à un contexte de contrôle laitier ne mesurant qu'une traite journalière au lieu de deux;
• d'adapter ce type de modèle aux caractères de production de matière grasse et protéique;
• de comparer la persistance laitière calculée par ce modèle et celle obtenue par un critère synthétique à la lactation;
• d'assurer une veille scientifique et technologique;
• de diffuser et valoriser les résultats sous forme de rapports techniques, de publications ou de présentations orales.

Profil recherché

Formation recommandée : Ingénieur en école d'agriculture ou d'agronomie, Master 2 en statistiques appliquées
Connaissances souhaitées : Anglais écrit et oral ; Maîtrise de la programmation sous R et/ou SAS
Aptitudes recherchées : Goût prononcé pour l'analyse de données, la modélisation et la génétique quantitative

Modalités d’accueil