Contexte
Actuellement, la sélection des animaux de rente est réalisée selon leur potentiel génétique. Des facteurs non génétiques sont aussi transmis de génération en génération (microbiote, épigénétique) et influencent les performances des animaux. Ces facteurs pourraient donc également être utilisés pour sélectionner les futurs reproducteurs. Pour permettre la mise en œuvre de cette stratégie de sélection, un modèle d’analyse des caractères qui prend en compte l’ensemble des facteurs transmissibles (qu’ils soient génétiques ou non) dans l’estimation du potentiel d’un animal à transmettre ses caractéristiques à sa descendance a été développé [1] et appliqué aux données d’efficacité alimentaire de plusieurs espèces [2]. Ce premier modèle ne permet pas de dissocier les différentes sources de transmissibilité et ne tient pas compte de l’influence que l’environnement peut avoir sur la transmission des facteurs non-génétiques. De nouveaux modèles ont donc été développés par notre équipe afin de répondre à ces besoins. Ces derniers doivent maintenant être validés.
Descriptif du stage
Pour valider les nouveaux modèles de transmissibilité, il est nécessaire de s’assurer dans un premier temps que les paramètres de ces derniers sont identifibiables structurellement et pratiquement. Dans un deuxième temps, il faut démontrer l’intérêt de ces modèles par rapport à des modèles plus simples (transmissibilité sans environnement, modèle génétique animal, modèle sans information sur les facteurs non-génétiques). L’étudiant aura en charge de a) démontrer et illustrer l’identifiabilité pratique des paramètres en adaptant les calculs de vraisemblance utilisés pour l’identifiabilité du modèle de transmissibilité sans environnement [1]. b) de réaliser une série de simulations permettant d’appréhender le comportement des modèles dans différentes situations.
Localisation du stage: INRAE – GenPhySE https://genphyse.toulouse.inra.fr/
Période: entre janvier et septembre 2022 Durée : 6 mois
Compétences requises
Goût prononcé pour la modélisation mathématique, le calcul matriciel, la programmation (R, bash, linux)
Intérêts pour l'étudiant: Acquisition de solides compétences sur le modèle mixte
Personne à contacter:
Anne RICARD et Ingrid DAVID, Merci de transmettre une lettre de motivation et un CV anne.ricard@inrae.fr , ingrid.david@inrae.fr Tel: 05 61 28 51 92
- David I, Ricard A. A unified model for inclusive inheritance in livestock species. Genetics. 2019;212:1075–99.
- David I, Aliakbari A, Déru V, Garreau H, Gilbert H, Ricard A. Inclusive inheritance for residual feed intake in pigs and rabbits. J Anim Breed Genet. 2020;137:535–44.