Contexte

La pasteurellose est une maladie causée par une bactérie, Pasteurella multocida, qui est responsable de la moitié des réformes de lapines dans les élevages. Aucun traitement efficace n’existe pour cette maladie. Les traitements antibiotiques conduisent à de nombreuses rechutes et ne suffisent pas à réduire sa prévalence. Une solution pour contrer ce problème serait de pouvoir identifier des gènes, ou des portions génomes (QTL), associés à une meilleure résistance à la maladie. Ainsi, on pourra choisir comme reproducteurs les animaux porteurs de ces gènes ou QTL afin d’améliorer la résistance à la pasteurellose de la population.

Objectif du stage

Détecter des portions du génome associées à la résistance à la pasteurellose.

Déroulement du stage

• Etude bibliographique, visite de l’unité expérimentale cunicole de l’INRA
• Etude des données sous Excel ou sous R
• Utilisation de GEMMA, logiciel permettant de faire des études d’association tout génome (GWAS)

Profil souhaité

Master ou dernière année d’école d’ingénieur

Encadrement

Mélanie GUNIA : melanie.gunia@toulouse.inra.fr; 05 61 28 51 40 Le stagiaire fera partie de l'équipe Modgen composée d’une dizaine de chercheurs et ingénieurs en génétique quantitative.

Conditions accueil

• Durée du stage souhaitée: 6 mois, début en 2020
• Localisation : INRA Toulouse, INRA, UMR GenPhySE (Génétique, Physiologie et Systèmes d’Elevage), 24 Chemin de Borde Rouge, 31326 CASTANET-TOLOSAN
• Gratification de stage au taux en vigueur

Bibliographie

Gunia et al. Premiers résultats du projet RELAPA : génomique pour la résistance génétique des lapins à la pasteurellose. 2017

QTL detection for pasteurellosis resistance

Project:

The RELAPA project (Genomics for resistance to pasteurellosis in rabbits) aims at proposing genomic based strategies to select rabbits for disease resistance to Pasteurellosis, the most common bacterial disease in rabbit farms.

Duties:

The post-holder will work mainly with the genomic analyses of data collected on rabbit experimentally infected with a Pasteurella mutocida strain. The candidate will perform Genome Wide Association Study (GWAS) to detect genomic regions that are important for pasteurellosis resistance.

Qualification:

• Master student in Animal Breeding and Genetics or Animal Science
• knowledge in quantitative genetics
• use of computer software such as R, Excel, Word The candidate will be expected to perform data analysis using GEMMA software.

Further information:

The candidate will work within a team of 10 quantitative genetics researchers whose work spans several monogastric livestock species and encompasses method development and practical industry application.

Duration: 6 Months, starting in 2020

Localisation : INRA Toulouse, UMR GenPhySE (Genetic, Physiology and Breeding system), 24 Chemin de Borde Rouge, 31326 CASTANET-TOLOSAN, France

Candidates should send a detailed CV with a cover letter to : Mélanie GUNIA, melanie.gunia@inra.fr, 05 61 28 51 40