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Analyse longitudinale des données de comportement alimentaire du canard gras et caractérisation de la résilience après une perturbation identifiée

Job Type:

Contexte :
La production du foie gras en France s’appuie à 95 % sur le canard mulard, qui est un hybride intergénérique entre une cane commune (Anas platyrhynchos) de race Pékin et un mâle de Barbarie (Cairina moschata). La sélection est donc un processus lourd nécessitant la mesure (élevage, gavage et abattage) de mulards afin d’indexer les candidats à la sélection Pékin ou Barbarie (les demi-frères et sœurs des mulards). Des critères de sélection mesurables directement sur les candidats sont donc particulièrement recherchés. Par ailleurs, dans la filière du canard gras, comme pour la plupart des espèces domestiques, l’alimentation représente 2/3 des coûts de production. Par conséquent, l’amélioration de l’efficacité alimentaire en lien avec la production de foie gras est un enjeu pour la filière. Un programme expérimental a donc été conduit afin de caractériser les comportements et l’efficacité alimentaire des animaux en utilisant des mangeoires automatiques qui enregistrent la consommation et pèsent l’animal à chaque visite. Ce programme a permis d’estimer des premiers paramètres génétiques, à l’échelle de l’expérimentation (5 semaines consécutives). Un degré supplémentaire de finesse est attendu avec une analyse longitudinale pour constater l’évolution des paramètres au cours du temps. Parallèlement il s’agira également d’étudier l’impact de perturbations clairement identifiées (épointage du bec réalisé pour prévenir le picage) sur la prise alimentaire afin de caractériser la résilience des animaux et sa variabilité au sein de la population.

Travail envisagé:
Partie 1 : analyse longitudinale de la consommation et des comportements alimentaires : examen et nettoyage des données quotidiennes, recherche du meilleur modèle d’analyse pour chaque population. Comparaison des 3 populations (mulard, Pékin, Barbarie). Partie 2 : Caractérisation de la résilience des animaux après épointage. Des outils sont en cours de mise au point dans l’équipe afin de détecter des perturbations subies par des animaux en élevage et d’évaluer leur impact. Ici les perturbations sont clairement identifiées (épointage du bec). Il s’agit de caractériser la résilience et d’estimer des paramètres génétiques. A l’issue du stage le candidat aura acquis des compétences sur le logiciel asreml (estimation des paramètres génétiques) et renforcé sa maitrise de R pour l’analyse des fichiers de données.

Profil:
M2 génétique statistique, génétique quantitative ou bioinformatique ; ingénieur agronome/agricole Bonnes connaissances et goût pour la programmation et les statistiques avec R. Capacités de synthèse, rédaction, écoute, rigueur, organisation, disponibilité et autonomie.

Durée : 5 -6 mois entre janvier et août 2022
Localisation : INRAE Toulouse (UMR GenPhySE, 31326 Castanet Tolosan).
Conditions : Indemnité de stage mensuelle selon les règles en vigueur à INRAE
contact: Hervé Chapuis herve.chapuis@inrae.fr

Contact: 

Hervé Chapuis

email: 
Hervé dot Chapuis at inra dot fr
Phone: 
0561285378