VOTRE ENVIRONNEMENT DE TRAVAIL
Vous serez accueilli(e) au sein de l'unité GenPhySE (Génétique, Physiologie et Système d'Elevage) qui est une unité mixte de recherche du site INRAE-Occitanie Toulouse. Elle regroupe environ 200 agents (154 titulaires et +/-50 non titulaires) issus de 3 tutelles, INRAE, l'Institut National Polytechnique de Toulouse et l'Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse. L'activité scientifique de GenPhySE est dédiée à faire évoluer les systèmes de production animale par des innovations génétiques, nutritionnelles et de conduite d'élevage, dans une perspective de production durable.
GenPhySE compte 10 équipes de recherche dont l'équipe GenEpi (Génétique et Epigénétique moléculaires des espèces animales utilisées en croisement). La thématique centrale de l'équipe GenEpi est l'identification et la caractérisation des gènes expliquant la variabilité des caractères observée chez les animaux domestiques (porc, lapin, caille). L'évolution constante des technologies de séquençage requiert en permanence le développement et la mise au point de méthodes d’analyses de données adaptées afin de fournir des résultats scientifiques rigoureux.
VOTRE MISSION ET VOS ACTIVITÉS
Les technologies de génotypage par séquençage remplacent progressivement les puces de génotypages. Les approches récentes d'imputation du génome complet à partir de données de séquence du génome entier à faible couverture deviennent aujourd’hui accessibles pour génotyper plusieurs milliers d’individus. Elles offrent la possibilité, via la couverture accrue des marqueurs à l’échelle du génome et la robustesse de l’imputation utilisant des données de pedigree, de mieux comprendre la contribution des régions génomiques dans le déterminisme génétique des caractères complexes dans les populations expérimentales existantes.
Votre mission consistera à 1) exploiter des données de génotypage par séquençage issues d'imputation de génomes complets à partir de données de séquence du génome entier à faible couverture, 2) mettre en œuvre les algorithmes de reconstruction et caractérisation des haplotypes dans des régions connues pour porter des mutations d’intérêt chez le porc et 3) mettre en place les méthodes d’imputation et de phasage pour l’analyse de l’origine des haplotypes dans des protocoles expérimentaux porcins dédiés. Ces données seront tout d’abord analysées à partir de populations porcines commerciales issues de races pures puis de protocoles expérimentaux issus d’individus croisés.
Vous travaillerez au sein de l’Unité GenPhySE et en étroite collaboration avec les acteurs de GD BIOTECH (https://www.gdbiotech.eu/) et AXIOM (https://www.axiom-genetics.com/).
Vous serez plus particulièrement en charge de :
- L’utilisation de pipelines et/ou de méthodes bio-informatiques et statistiques
- La conception des analyses
- La réalisation des analyses statistiques
- L’interprétation, la discussion des résultats et la rédaction des rapports d’analyses
- La traçabilité et la gestion des données
- La participation à la rédaction / relectures d’articles scientifiques
LE PROFIL QUE NOUS RECHERCHONS
- Diplôme minimum requis (sélectionner le niveau de diplôme souhaité)
- Doctorat/Ingénieur (Bac+8) ou Master/Ingénieur (Bac+5) avec de l'expérience
- Formation recommandée
- un Master/diplôme d’Ingénieur dans les domaines de la bio-informatique/biologie computationnelle
- un bon niveau dans au moins un des langages de scripts utilisés en bio-informatique (R ou python)
- Connaissances souhaitées
- Connaissances en analyses de données génomiques et génétiques
- Connaissances des méthodes standard de statistique descriptive et inférentielle
- Aptitudes recherchées
- Aptitudes à travailler en équipe et à la gestion de projet complexe
- Sens de l’organisation et rigueur
- Qualité rédactionnelle
- Curiosité pour l’apprentissage de nouvelles technologies/méthodes
MODALITES
Type de contrat : CDD
Durée du contrat : 14 mois
Date d’entrée en fonction : 01/11/2023
Rémunération : € 2400 - € 2800 brut/mois