You are here

[MOBILITE] Ingénieur.e en développement de logiciel d'analyse numérique

Job Type:

Il s'agit d'un poste ouvert à la mobilité pour tout agent de la fonction publique.

Transmettre une lettre de motivation et un CV à :

Bertrand SERVIN
Tél. : 05 61 28 51 17
Mail : bertrand.servin@inra.fr

MISSION et ACTIVITES

La mission principale de l’ingénieur·e sera de participer au développement de solutions logicielles (logiciels proprement dits, bibliothèques et packages, pipelines d’analyse) dédiées à l’analyse numérique de données génomiques et post-génomiques. Dans un premier temps, il/elle devra améliorer la qualité du code de logiciels existants et en assurer le support technique (développement, packaging et diffusion, gestion des bugs). Dans ce cadre, il/elle pourra être amené·e à proposer des solutions techniques d’optimisation du code informatique (calcul numérique) pour améliorer les performances applicatives, en particulier lors de l’exécution sur des serveurs de calcul.
Une deuxième mission sera de mettre en œuvre des solutions techniques permettant d’assurer la reproductibilité des résultats scientifiques produits par l’équipe. En effet, l’augmentation en volume et en complexité des données générées par l’ensemble de la communauté internationale nécessite de mettre en place des procédures rigoureuses permettant d’assurer que les résultats issus des analyses numériques des données soient fiables et reproductibles. Cette démarche de recherche reproductible doit s’accompagner du développement de moyens techniques informatiques et logiciels à l’échelle de l’équipe, de l’unité, de l’INRA et de la communauté scientifique internationale. L’ingénieur·e aura pour mission de participer à la mise en place de ces solutions dans l’équipe et à terme à une échelle plus vaste.

ENVIRONNEMENT

L’ingénieur·e sera affecté·e à l’unité mixte de recherche GenPhySE et rattaché(e) à l’équipe «Dynamique des génomes et des populations». L’équipe se compose de 4 chargés de recherche, un ingénieur de recherche, deux doctorants et deux post-doctorants. Elle développe des recherches sur la dynamique évolutive des génomes, de leurs polymorphismes et de leurs éléments fonctionnels chez les espèces animales d’élevage (par ex. FRAgencode). Les disciplines principales de l’équipe sont la bioinformatique, la génomique des populations, la génétique statistique et les biostatistiques.
Les recherches menées dans l’équipe entraînent une activité importante de développement logiciel pour l’analyse numérique. Dans le cadre de ses projets de recherche, l’équipe est amenée à (i) développer des logiciels implémentant les nouvelles méthodes d’analyse (par ex. hapFLK), (ii) diffuser des pipelines d’analyse et (iii) mettre à la disposition de la communauté scientifique les résultats. Les développements sont principalement effectués sur l’infrastructure de calcul de la génopole de Toulouse (http://bioinfo.genotoul.fr) comprenant plusieurs milliers de cœurs de calculs et plus d’un Peta-octet d’espace de stockage. L’équipe administre aussi son propre serveur de fichiers et deux serveurs de calcul dédiés au développement. Un objectif de l’équipe est de développer des solutions informatiques rigoureuses pour permettre de rendre parfaitement reproductible l’ensemble de ses productions scientifiques.

COMPETENCES ATTENDUES ET PROFIL RECHERCHÉ

Compétences cœur de métier :
• Programmation : python, langage bas-niveau (C, fortran), bibliothèques d’analyse numérique (par ex. numpy, scipy), R
• Système : Linux
• Langage interprété : bash
• Utilisation d’une forge logicielle (e.g. gitlab) et d’un système de gestion de version (git)
• Utilisation d’un cluster de calcul et d’un gestionnaire de ressources : slurm

Compétences complémentaires :
• Déploiement applicatif : Docker / Singularity
• Calcul distribué : OpenMP/OpenCL/MPI
• Déploiements de solutions pour la recherche reproductible : Snakemake/Jupyter/Rstudio
• Processus d’intégration continue (Jenkins/ Travis)

Compétences générales :
• Anglais : bon niveau (écrit)
• Qualité d’organisation et de travail en équipe dans un environnement pluridisciplinaire.

Le profil proposé ouvre droit à une prime informatique de niveau analyste si le/la candidat·e est déjà qualifié·e à ce niveau. Sinon, il/elle devra passer l’examen de qualification pour bénéficier de ladite prime.

Contact: 

Bertrand Servin

email: 
Bertrand dot Servin at inra dot fr
Phone: 
0561285117