L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
VOTRE MISSION ET VOS ACTIVITÉS
Vous serez accueilli(e) au sein de l’unité mixte de recherche GenPhySE : Génétique, Physiologie et Systèmes d’Elevage (UMR INRA/ENVT/ENSAT) réunissant les compétences de généticiens quantitatifs et moléculaires, de biologistes cellulaires, de physiologistes et de mathématiciens. L’unité est constituée de 147 permanents et est structurée en 10 équipes. Son objectif est d’améliorer la connaissance des génomes des animaux domestiques au niveau structural et fonctionnel, d’étudier et gérer la composante génétique des principaux caractères d’intérêt agronomique, d’élaborer des systèmes d’élevage innovants et durables.
Vous serez rattaché(e) à l’équipe Génétique des systèmes en lien avec l'adaptation et la robustesse (GENOROBUST). Cette équipe est composée de 4 scientifiques (1 enseignante chercheur, 1 chercheure et 2 ingénieures de recherche) ainsi qu’une ingénieure d'étude, 2 techniciennes de recherche, un PhD en statistique et des étudiants en Master. Les activités de l'équipe concernent 1- l’étude des processus impliqués dans la construction des phénotypes pendant la période périnatale ; 2- la variabilité individuelle et les compromis entre production et adaptation. Ces programmes comprennent des approches pluridisciplinaires (génétique et épigénétique, physiologie métabolique, génomique et bio-informatique) et intégratives.
Vos missions se dérouleront dans le cadre du projet CO-LOcATION (Fetal maturity at the feto-maternal interface : COntribution of fetaL and maternal genOmes and tissue metAbolism perturbaTIONs) financé par l’Agence Nationale de la Recherche (ANR). L’enjeu de ce projet s’inscrit autour de la mortalité néonatale qui est essentiellement liée à un manque de maturité des porcelets à la naissance et qui affecte la durabilité de la filière. Ainsi, les objectifs de ce projet sont d’étudier la contribution des génomes maternels et paternels ainsi que les perturbations métaboliques à l’interface fœto-maternelle en lien avec la maturité fœtale. Les interactions fœto-maternelles régulent la répartition des ressources entre la mère et le fœtus, impactant le développement et la santé future de ce dernier. Pour aborder cette question, le projet CO-LOcATION propose une approche intégrative combinant différents niveaux d’information (transcriptomique (RNAseq), métabolique (RMN : résonance magnétique nucléaire et GC-FID : Chromatographie en phase gazeuse et détection par ionisation de flamme), phénotypique). La complexité des phénotypes de maturité sera abordée par l’étude du compromis entre croissance et survie en se focalisant sur les interactions placenta-endomètre. Pour cela le projet propose de mettre en place une stratégie se focalisant sur des régulations multi tissus et une approche intégrative multi-omique afin d’interroger simultanément les deux tissus adjacents (placenta fœtal et endomètre maternel).
Dans ce contexte, vous serez plus particulièrement en charge de développer des approches intégratives en utilisant des statistiques descriptives et prédictives afin d’apporter des connaissances nouvelles 1- sur le dialogue entre les deux tissus et 2- sur le rôle des génomes maternels et fœtaux en lien avec le statut de maturité fœtale. Vous travaillerez en collaboration avec des chercheurs génomiciens et statisticiens également impliqués dans le projet.
LE PROFIL QUE NOUS RECHERCHONS
Formation recommandée :
- Doctorat ou ingénieur en statistique
Connaissances souhaitées :
- Spécialisation requise en intégration de données omiques,
- Excellente connaissance de la programmation R,
- Maîtrise des outils de développement collaboratif (en particulier git),
- Bon niveau d’anglais (écrit et parlé).
Expérience appréciée :
- Expérience en annotation fonctionnelle et en inférence de réseaux.
Aptitudes recherchées :
- Aptitude au travail en équipe,
- Rigueur scientifique,
- Rigueur dans la gestion des analyses selon les principes FAIR,
- Autonomie et prise d’initiative.
MODALITES D'ACCUEIL
Unité: GenPhySE
Code postal, ville : 31326 Castanet Tolosan
Type de contrat : mission temporaire
Durée du contrat : 14 mois
Date d’entrée en fonction : 01/09/2022
Rémunération : 2371 € brut
MODALITES POUR POSTULER
Transmettre une lettre de motivation et un CV à Agnès Bonnet
Par e-mail : agnes.bonnet@inrae.fr
Date limite pour postuler : 2 mai 2022