VOTRE MISSION ET VOS ACTIVITÉS
Vous serez accueilli·e au sein de l’unité GenPhySE (Génétique, Physiologie, et Systèmes d’élevages), une Unité Mixte de Recherche (UMR) INRAE-Université de Toulouse-ENVT située au sud de Toulouse. GenPhySE regroupe plus de 150 personnes travaillant sur des espèces animales d’élevages (porc, mouton, chèvre, lapin, caille, abeille). Vous serez plus particulièrement intégré à l’équipe GenROC (Génomique des Ruminants Ovins et Caprins), qui travaille à l’identification de gènes et de leurs polymorphismes influençant des caractères quantitatifs et des anomalies génétiques chez le mouton et la chèvre et à la compréhension des mécanismes moléculaires afférents.
Dans le cadre du projet PRESAGE : « Préparer la création d’un observatoire des Anomalies Génétiques en Petits Ruminants », l’équipe GenROC étudie le cornage dans la race ovine Noire du Velay. En effet, l’absence de cornes fait partie du standard de la race, mais depuis la mise en place de la sélection sur la résistance à la tremblante, le nombre de béliers « cornus » en station de contrôle individuel s’est fortement accru, au point où il devient difficile de trouver des mâles sans cornes. Au sein du projet, le cornage a également été étudié dans la race Manech Tête Rousse, avec une interaction cette fois avec le phénotype de cryptorchidie. Cependant, des premiers résultats en race Noire du Velay suggèrent que le déterminisme génétique n’est pas similaire et il reste donc à le déterminer.
Vous serez plus particulièrement en charge de :
- L’analyse de la transmission du phénotype à l’aide de données de filiation
- L’analyse d’association du phénotype avec des génotypes haute densité (50 à 600K SNP) par des approches cas/contrôle
- L’analyse de séquences de génomes complets
LE PROFIL QUE NOUS RECHERCHONS
- Formation recommandée : Biologie, Génétique moléculaire et/ou quantitative, statistiques
- Connaissances souhaitées : Bio-informatique, analyses de données dans R
- Expérience appréciée : Expérience dans un langage d’analyse adapté à la génétique et la science des données (R, Python, Julia), aisance à communiquer les résultats à l’écrit et à l’oral
MODALITES ET CONDITIONS D'EXERCICE
Le stage devra se faire uniquement sur site (pas de télétravail possible), dans le campus INRAE Occitanie-Toulouse d’Auzeville, au sud de Toulouse. Le campus est accessible en transport en commun depuis Toulouse. Il est situé à proximité du canal du midi, permettant un accès vélo privilégié.
- Durée du contrat : 5 à 6 mois
- Date d’entrée en fonction : début 2023
- Rémunération : 3€90 par heure (~500 €/mois)
- Date limite pour postuler : au fil de l’eau jusqu’au 1er octobre 2022, jusqu’à ce que le stage soit pourvu
Techniques utilisées relatives au sujet :
Analyse de données
- Analyses de données : R
- Analyse de séquence : logiciel IGV, logiciel CLC, vcf tools…
- Statistiques (Excel, SAS)
Méthode de génétique moléculaire
- Extraction ADN/ARN/Protéines
- PCR, RT-qPCR
- Séquençage
- Typages de polymorphisme (RFLP, allèle-spécifique PACE)
Publications relatives au sujet :
- Allais-Bonnet A, Grohs C, Medugorac I, Krebs S, Djari A, Graf A, et al. Novel Insights into the Bovine Polled Phenotype and Horn Ontogenesis in Bovidae. Yue J, editor. PLoS ONE. 2013; 8:e63512.
- Wiedemar N, Drögemüller C. A 1.8‐kb insertion in the 3′‐UTR of RXFP2 is associated with polledness in sheep. Anim Genet. 2015; 46:457–61.
- Ben Braiek M, Fabre S, Hozé C, Astruc J-M, Moreno-Romieux C. Identification of homozygous haplotypes carrying putative recessive lethal mutations that compromise fertility traits in French Lacaune dairy sheep. Genet Sel Evol. 2021;5 3:41.
- Ben Braiek M, Moreno-Romieux C, Allain C, Bardou P, Bordes A, Debat F, et al. A Nonsense Variant in CCDC65 Gene Causes Respiratory Failure Associated with Increased Lamb Mortality in French Lacaune Dairy Sheep. Genes 2022; 13: 45.